Para el diseño del escudo se han tomado criterios relacionados con el que hacer amazónico, región donde se encuentra la UNIA, los elementos del escudo representan los diferentes componentes de esta biodiversidad, no solo del mundo natural y tangible, sino del mundo sobrenatural que representa la cosmovisión del poblador de la selva.
La forma del escudo, zoomorfa, representa la cabeza del mamífero más poderoso de la Amazonia, el jaguar, que forma un marco verde encendido, como las plantas vivas, encierra elementos físicos terrestres del ciclo de vida.
Está dividido en dos campos, el superior, que representa la cosmovisión del poblador en el que se aprecia una figura con dos serpientes entrecruzadas, o dos lianas en espiral, que pueden ser al mismo tiempo las espirales del origen genético de las especies, el ADN, que en conjunto representan el símbolo de la medicina, toda vez que la medicina tradicional vegetalista de la selva emana la energía espiritual, representada por la estructura geométrica de los rayos de la luz interior, mística de la creación universal. Las dos manos, de diferentes colores, representan la interculturalidad, en la que al lado izquierdo está la del médico nativo, en una actitud dinámica que transmite sus conocimientos o poderes mágicos hacia la mano del lado derecho que representa a las otras culturas, en posición más receptiva, completando el permanente intercambio de saberes, conocimientos y culturas; labor cotidiana en la vida de la Universidad Nacional lntercultural de la Amazonia.
El campo inferior del escudo representa al mundo natural, donde en el típico paisaje de la selva se aprecia la luz del Sol que sale de las nubes lluviosas, típico del bosque fluvial donde nace el ecosistema selvático, dando origen a los ríos y fuentes de agua, elemento principal de la Amazonía, sobre el que gira todo el resto de las actividades, ya que es fuente de alimentación, porque alberga peces y otros animales acuáticos y vegetales comestibles, que es, a la vez, el medio de transporte más utilizado en este ambiente. En estas aguas encontramos al paiche, pez que sólo se encuentra en la Amazonia y ningún otro lugar de la tierra, que tras estar en peligro de extinción, por la pesca indiscriminada, tanto la Universidad como otras instituciones están llevando a cabo intensos trabajos de investigación para promover su conservación, reproducción, difusión y mayores conocimientos de su fisiología y sanidad, a fin de que en el futuro sea la principal especie proveedora de carne, y generadora de desarrollo para el poblador amazónico.
La palmera «Yarina» que se aprecia reflejada en las aguas donde vive el paiche, es la palmera representativa de Yarinacocha, lugar donde se encuentra la UNIA.
En la parte baja del escudo se encuentra la imagen del origen de la materia, núcleo de la fuerza de la reproducción; desde otro punto de vista, puede ser también la representación de un corte transversal de la palmera chonta, que al mismo tiempo es fuente de alimentación por sus partes blandas y de fortaleza por la dureza de su tallo, de múltiples usos.